如果你的笔记本系统重新恢复后，发现里面的软件都不见了，但是C盘还有文件，这可能是因为系统恢复时只是重置了系统设置，而没有删除C盘上的文件。如果你想清除掉这些文件，可以按照以下步骤进行操作。

首先，你可以打开“我的电脑”或者“此电脑”，找到C盘的位置。在C盘中，你可以找到一些系统文件、程序文件和用户文件夹。在这些文件夹中，可能包含了你想要清除的软件残留文件。

其次，你可以进入C盘中的“Program Files”或者“Program Files (x86)”文件夹，这些文件夹通常存放着安装的软件的相关文件。你可以在这些文件夹中找到你想要清除的软件的文件夹，然后将其删除。

另外，你还可以在C盘中的“Users”文件夹中找到你的用户文件夹，里面可能包含了一些软件的配置文件、缓存文件等。你可以进入这些文件夹，找到相关的软件文件夹，然后将其删除。

最后，你可以在“控制面板”中打开“程序和功能”选项，查看是否有一些软件还在列表中。如果有，你可以选择这些软件，然后点击“卸载”来彻底清除掉它们。

总的来说，如果你的笔记本系统重新恢复后，软件都不见了但C盘还有文件，你可以通过以上方法来清除掉这些文件，以释放磁盘空间并确保系统的整洁。但在进行操作时，请务必谨慎，避免误删重要文件，或者在不确定的情况下进行操作。如果不确定如何操作，建议寻求专业人士的帮助。